Cada categoria de café tem sua versão descafeinada. Para produzir café descafeinado, é necessário retirar entre 97 e 99% da cafeína do grão, indicou a Fundação Antama. A descafeinação é obtida em três métodos diferentes: usando água, dióxido de carbono ou cloreto de metileno. 

Independentemente do método , o problema é que, na hora de extrair a cafeína, eles acabam extraindo ou alterando outros compostos responsáveis por dar ao café o cheiro e o aroma que os caracterizam.  Nessas últimas décadas, buscou-se a solução final que trouxesse ao mercado uma variedade de café descafeinado que não difere de seus congêneres com a cafeína.  No momento, existem duas maneiras de encontrar um café descafeinado natural: encontrar a variação genética na natureza ou criá-la em laboratório. 

Existem mais de 130 espécies do gênero Coffea , mas o Arábica e o Robusta representam mais de 95% do mercado mundial. Cientistas no Brasil descobriram três pés de café arábica que não produzem cafeína em suas folhas.  As plantas sem cafeína foram encontradas por uma equipe liderada por Paulo Mazzafera, professor de fisiologia vegetal, cujo estudo está publicado na revista Nature. Todas as três plantas não são diferentes de outras variedades de  Coffea Arabica . A análise química revela que eles contêm 0,06% de cafeína, longe dos 2% de grãos de café torrados de plantas comuns. 

A engenharia genética poderia nos permitir inibir toda a via de síntese da cafeína, evitando a formação de compostos como a teobromina (presente no chocolate). Em 2003,  um café Robusta com baixo teor de cafeína foi desenvolvido no Nara Institute of Science and Technology (Japão). Eles foram baseados na inibição de 3 enzimas diferentes (CaXMT1, CaMXMT1 e CaDXMT1) responsáveis pela conversão da xantosina em cafeína. Essa técnica é promissora, mas quase 20 anos após o sucesso inicial, um café ainda não chegou ao mercado. 

Fonte: Agrolink